Turbomoleculaire pompen werken altijd in combinatie met een voorvacuümpomp. Afhankelijk van de grootte van het te evacueren vat kunnen de turbomoleculaire pompen en voorvacuümpompen tegelijkertijd worden ingeschakeld. Als de tijd die nodig is om het vat met de voorvacuümpomp tot ongeveer 1 mbar te pompen langer is dan de opstarttijd voor de turbopomp, is het raadzaam om het inschakelen van de turbomoleculaire pomp uit te stellen. Omloopleidingen worden aanbevolen bij het gebruik van turbomoleculaire pompen in systemen die zijn ingesteld voor (cyclische) batchwerking om de opstarttijd van de pomp te besparen. Het openen van de hoogvacuümklep is niet gevaarlijk bij een druk van ongeveer 10-1 mbar.

Turbomoleculaire pompen moeten worden beschermd tegen voorwerpen die via de inlaatpoort binnendringen en mogen alleen worden gebruikt met een spaanderbescherming van draadgaas. Er zijn verschillende uitvoeringen met verschillende maasgroottes verkrijgbaar. Bovendien moeten scherpe schokken op de pomp tijdens het gebruik en plotselinge veranderingen van positie worden vermeden.

Het ontluchten van de pomp tot atmosferische druk terwijl de rotoren draaien mag alleen worden uitgevoerd als de bedieningsinstructies strikt worden opgevolgd. Onder bepaalde omstandigheden is het mogelijk om turbomoleculaire pompen onder uitzonderlijke omstandigheden te gebruiken. Het kan bijvoorbeeld mogelijk zijn om een turbomoleculaire pomp in magnetische velden te gebruiken, afhankelijk van het pompmodel en de montagesituatie.

In een radioactieve omgeving kunnen standaard turbomoleculaire pompen zonder gevaar worden gebruikt bij bepaalde doseersnelheden. Als er hoge doseersnelheden optreden, kunnen bepaalde materialen in de pomp worden aangepast om de grotere belasting te weerstaan. De elektronische frequentieomvormers moeten in dergelijke gevallen buiten de radioactieve gebieden worden opgesteld, omdat de elektronica daarin alleen lagere stralingsdosissnelheden kan verdragen. Het gebruik van motoraangedreven frequentieregelaars is een andere optie die nog beter bestand is. Leybold kan de gebruiker hiervoor een aantal oplossingen aanbieden.