Pam turbomolekul sentiasa beroperasi bersama dengan pam vakum awal. Bergantung kepada saiz kapal yang perlu dievakuasi, pam turbomolekul dan pam pra-vakum mungkin dihidupkan secara serentak. Jika masa yang diperlukan untuk mengepam kapal hingga kira-kira 1 mbar menggunakan pam pra-vakum lebih lama daripada masa pemulaan untuk pam turbo, maka adalah dinasihatkan untuk menangguhkan penghidupan pam turbomolekul. Laluan bypass adalah disyorkan apabila menggunakan pam turbomolekul dalam sistem yang disediakan untuk operasi batch (siklik) bagi menjimatkan masa pemulaan untuk pam. Membuka valve vakum tinggi tidak berbahaya pada tekanan sekitar 10^‑1 mbar.

Pam turbomolekul harus dilindungi daripada objek yang masuk melalui port masuk dan hanya boleh beroperasi dengan pelindung jaring dawai. Terdapat pelbagai versi yang tersedia dalam saiz mash yang berbeza. Selain itu, kejutan tajam pada pam semasa beroperasi dan perubahan posisi yang tiba-tiba harus dielakkan.

Melepaskan pam ke tekanan atmosfera semasa rotor berputar hanya boleh dilakukan dengan mematuhi arahan operasi dengan ketat. Dalam keadaan tertentu, adalah mungkin untuk mengendalikan pam turbomolekul di bawah keadaan luar biasa. Sebagai contoh, adalah mungkin untuk menggunakan pam turbomolekul dalam medan magnet, bergantung kepada model pam dan situasi pemasangan.

Dalam persekitaran radioaktif, pam turbomolekul standard boleh digunakan tanpa bahaya pada kadar dos tertentu. Jika kadar dos yang tinggi ditemui, maka bahan tertentu dalam pam boleh diubahsuai untuk menahan beban yang lebih besar. Penukar frekuensi elektronik dalam kes-kes seperti itu perlu dipasang di luar kawasan radioaktif, kerana elektronik yang digunakan di dalam hanya dapat bertahan dengan kadar dos radiasi yang lebih rendah. Penggunaan penukar frekuensi yang digerakkan motor mewakili satu lagi pilihan yang dapat menahan lebih banyak lagi. Leybold boleh menawarkan pengguna beberapa penyelesaian untuk cabaran ini.