Bơm turbo phân tử luôn hoạt động kết hợp với bơm chân không sơ bộ. Tùy thuộc vào kích thước của bình cần hút chân không, các bơm phân tử turbo và bơm chân không sơ bộ có thể được bật đồng thời. Nếu thời gian cần thiết để bơm bình xuống khoảng 1 mbar bằng bơm chân không sơ bộ dài hơn thời gian khởi động của bơm turbo, thì nên trì hoãn việc bật bơm turbo phân tử. Đường bypass được khuyến nghị khi sử dụng bơm turbo phân tử trong các hệ thống được thiết lập cho hoạt động theo mẻ (chu kỳ) để tiết kiệm thời gian khởi động cho bơm. Việc mở van chân không cao không nguy hiểm ở áp suất khoảng 10 ^-1 mbar.

Bơm phân tử turbo cần được bảo vệ khỏi các vật thể xâm nhập qua cổng nạp và chỉ nên vận hành với tấm chắn mảnh vỡ bằng lưới thép. Có nhiều phiên bản khác nhau với kích thước bột nhão khác nhau. Ngoài ra, cần tránh va đập mạnh vào bơm khi đang chạy và thay đổi vị trí đột ngột.

Việc thông khí bơm đến áp suất khí quyển trong khi rôto đang quay chỉ có thể được thực hiện khi tuân thủ nghiêm ngặt hướng dẫn vận hành. Trong một số trường hợp nhất định, có thể vận hành bơm phân tử turbo trong điều kiện đặc biệt. Ví dụ, có thể sử dụng bơm turbo phân tử trong từ trường, tùy thuộc vào mẫu bơm và tình huống lắp đặt.

Trong môi trường phóng xạ, có thể sử dụng bơm turbo phân tử tiêu chuẩn mà không gây nguy hiểm ở một số tốc độ liều lượng nhất định. Nếu gặp phải tốc độ liều lượng cao, một số vật liệu nhất định trong bơm có thể được sửa đổi để chịu được tải trọng cao hơn. Các bộ biến tần điện tử trong những trường hợp này phải được lắp đặt bên ngoài khu vực phóng xạ, vì các thiết bị điện tử được sử dụng bên trong chỉ có thể chịu được tốc độ liều lượng bức xạ thấp hơn. Việc sử dụng các bộ biến tần được điều khiển bằng động cơ là một lựa chọn khác có thể chịu được nhiều hơn nữa. Leybold có thể cung cấp cho người dùng một số giải pháp cho thách thức này.